La FGJ-CDMX ha manifestado que no tiene investigaciones contra Taboada por su posible participación en la comisión de estos delitos. Si bien la FGJ-CDMX ha negado que existan investigaciones contra Taboada por secuestro y desaparición forzada, ha reconocido que lo investiga por posible corrupción en el municipio Benito Juárez. La FGJ-CDMX ha manifestado que ha recibido denuncias posiblemente relacionadas con una red de corrupción en el municipio Benito Juárez.
Taboada ha acusado a la FGJ-CDMX de utilizar investigaciones para fabricar delitos y perseguir a opositores políticos. También ha afirmado que hay una campaña para impedir su candidatura al cargo de jefe de gobierno de la Ciudad de México